惡性的機率為千分之二、三之間，這些惡性體癌包括惡性子宮平滑肌肉癌（LMS）、子宮內膜間質肉癌（ESS）、惡性彌勒氏管混合肉癌（MMMT），即使手術切除，加上放療、化療，預後也大多不太好，死亡率常常超過一半以上。不過雖然惡性瘤的機會非常低，但仍會遇到一兩個患者有這樣的狀況，這時開刀絕對是第一個考量。由於子宮體肉瘤生長快速，很早就會藉由淋巴和血液轉移到他處如肺部或遠處轉移，而且經治療後在腹部或骨盆腔內也容易復發，死亡率高，早期發現非常重要。

周宗翰中醫師指出，是否會建議患者轉診進行開刀治療，有幾個判斷要點，呼籲民眾應多注意自身狀況，並固定回診檢查，有異狀時盡速至婦產科就診：

1.在追蹤檢查中日益快速變大。通常子宮肌瘤正常的生長速度為一年一公分，經過中醫的調養後通常就算沒縮小，長大的機會也不高，如果患者一年內肌瘤長大3-5公分以上或是幾個月內從2公分長到4公分，再長到7、8公分，或是經過中醫調理後肌瘤並沒有顯著的減緩增長，就會建議是否要做更精密的檢查以決定是否要開刀。

2. 停經後反而更顯著變大。正常子宮肌瘤停經後會隨著時間，開始萎縮，如果停經後子宮肌瘤還是有變大的情況，就要考慮是不是非良性的腫瘤，子宮惡性肉瘤多發生在接近停經或停經後婦女，故年長婦女長出子宮腫瘤，也要特別注意。

3.有明顯的不適症狀。如月經量太大、月經期太長、貧血、嚴重頻尿等代表肌瘤的位置長的不好；子宮肌瘤如向前壓迫到膀胱，則會頻尿或排尿困難；向後壓迫到直腸，則會便秘或排便疼痛。子宮肌瘤導致子宮收縮不全，長期月經量太多或經期拖太長而產生血崩，會造成貧血、倦怠感，在中醫的治療後並沒有顯著的改善，這時也會建議將開刀列為治療的最終選項。

4. 乳癌的患者曾使用泰莫西芬（tamoxifen）：泰莫西芬主要用在預防術後乳癌之復發，它主要為抗雌激素作用，但仍有少部分雌激素作用，因此會增加子宮內膜癌和子宮惡性肉瘤發生率，尤以惡性混合繆勒氏瘤最多，這時建議患者持續於婦產科追蹤。

5. 超音波檢查質地明顯異常。檢查影像看起來形狀怪異（例如有空洞）等，腫瘤中間有退行性變化，如出血、液化、壞死，不過這必須由婦產科醫師評估。

6. 子宮異常子宮出血、慢性骨盆腔疼痛，併有嚴重的痛經、性交疼痛、急性下腹部疼痛等患者，畢竟還是有些人的體質對於中藥與針灸的反應是不佳的，這類型的患者大約占門診的兩成，這其實跟體質有關係，在中醫調理2個月後並沒有顯著改善，也會建議要開刀。